Depuis le 1er septembre 2026, un médecin ne peut plus prescrire un arrêt de travail de la durée qu'il veut. La première prescription est plafonnée à 31 jours, chaque prolongation à 62 jours, sauf justification médicale documentée.
La mesure a été présentée comme une affaire entre le médecin et son patient. Elle concerne aussi directement les employeurs, et particulièrement les TPE qui pratiquent la subrogation.
Voici ce que dit exactement le texte, ce que l'employeur peut et ne peut pas en attendre, et le seul point de vigilance vraiment coûteux.
Ce que plafonne réellement le décret du 12 juin 2026
Le texte s'appelle décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d'indemnités journalières. Le titre dit l'essentiel : ce qui est plafonné, c'est l'arrêt indemnisé, pas la liberté de prescription.
Les deux plafonds, inscrits à l'article L. 162-4-1 du code de la sécurité sociale, sont simples : 31 jours pour toute première prescription, 62 jours pour chaque prolongation.
Ils s'appliquent aux arrêts prescrits par les médecins, mais aussi par les sages-femmes et les chirurgiens-dentistes, dans la limite de leurs compétences respectives.
La dérogation existe et elle est large : le professionnel de santé peut dépasser ces durées si l'état de santé du patient le justifie, en motivant sa décision au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé.
Autrement dit, ce n'est pas une interdiction, c'est une obligation de justifier. Un arrêt long reste possible ; il doit désormais être argumenté et il est plus visible du service médical de la caisse.
Second changement du même jour, moins commenté : le motif médical doit être systématiquement porté sur l'arrêt, sauf accident du travail et maladie professionnelle.
Non, l'employeur ne verra pas le motif médical
C'est la première question posée dans les TPE depuis septembre, et la réponse est nette. L'employeur reçoit uniquement le volet 3 de l'arrêt, qui porte les dates et rien d'autre.
Le motif médical part au service du contrôle médical de la caisse. Il est couvert par le secret médical de l'article L. 1110-4 du code de la santé publique, et l'obligation nouvelle ne crée aucun droit de regard pour l'entreprise.
L'Assurance Maladie le formule sans ambiguïté dans sa communication du 1er septembre 2026 : le volet destiné à l'employeur n'indique pas la raison médicale de l'arrêt, parce qu'elle ne le concerne pas.
Les leviers de l'employeur restent ceux d'avant : la contre-visite médicale, encadrée par les articles R. 1226-10 à R. 1226-12 du code du travail, lorsqu'il verse un complément de salaire, et le signalement à la caisse.
Rappel utile : la contre-visite ne joue que sur le complément versé par l'entreprise, jamais sur les indemnités journalières, que la caisse décide seule d'accorder ou de suspendre.
Le vrai risque pour l'employeur : la subrogation
C'est le point que presque personne ne relève, et c'est celui qui coûte de l'argent.
Quand l'entreprise pratique la subrogation, elle maintient le salaire et perçoit les indemnités journalières à la place du salarié. Elle avance donc la trésorerie, et se rembourse ensuite auprès de la caisse.
Or les nouveaux plafonds multiplient les prolongations : un arrêt de trois mois qui tenait en une seule prescription en compte maintenant au moins deux, et chaque prolongation doit s'enchaîner sans rupture avec la précédente.
Une prolongation datée d'un jour trop tard, un salarié qui n'a pas repris rendez-vous à temps, et la continuité de l'arrêt est rompue : la caisse peut refuser d'indemniser la période.
Dans ce cas, l'entreprise a maintenu le salaire et ne récupérera pas les indemnités correspondantes. Le décalage n'apparaît souvent qu'au décompte annuel.
La parade est administrative et ne coûte rien : noter la date de fin de chaque arrêt et relancer le salarié quelques jours avant, exactement comme on suit une échéance de facture.
Et l'arrêt prescrit en téléconsultation ?
La confusion est fréquente depuis septembre, alors que cette règle-là n'a pas changé : elle date du 1er janvier 2024 et vient de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2024.
Un arrêt prescrit à distance ne peut ouvrir droit aux indemnités journalières que pour trois jours au maximum, première prescription et renouvellement compris. Au-delà, une consultation en présentiel est nécessaire.
Deux exceptions y échappent : l'arrêt prescrit par le médecin traitant ou la sage-femme référente, et le cas où le patient ne peut matériellement pas consulter en présentiel, situation qui doit être documentée.
Les deux dispositifs se cumulent donc : le plafond de 3 jours en téléconsultation, celui de 31 jours pour une première prescription en cabinet.
Le second volet, applicable au 1er janvier 2027
Le décret jumeau du même 12 juin 2026 traite les accidents du travail et les maladies professionnelles. Les indemnités journalières y seront plafonnées à quatre ans, calculés de date à date, pour les sinistres déclarés à compter du 1er janvier 2027.
Trois précisions comptent. Les dossiers déjà déclarés ne sont pas concernés, le temps partiel thérapeutique est exclu du plafond, et un nouveau délai de quatre ans s'ouvre si le salarié a repris le travail pendant au moins un an avant une rechute.
À l'issue des quatre ans sans amélioration, l'incapacité est présumée permanente et le dossier bascule vers une rente.
Ce qu'il faut faire dans une petite structure
Trois gestes suffisent, et ils sont tous gratuits.
Mettre à jour le suivi des absences pour y faire figurer la date de fin de chaque arrêt, et non seulement la date de début. C'est le seul vrai changement de process.
Prévenir les salariés concernés par un arrêt long que leur médecin devra les revoir plus souvent, et qu'un rendez-vous manqué peut leur coûter des indemnités.
Vérifier ce que dit la convention collective sur le maintien de salaire avant de décider de subroger, car c'est elle qui fixe l'ampleur du risque avancé par l'entreprise.
Pour les dirigeants non salariés, la logique est différente : les indemnités journalières relèvent du régime des indépendants, avec ses propres délais de carence et ses propres plafonds, comme le montre par exemple le congé de naissance des indépendants.
Et si le maintien de salaire vous conduit à revoir vos bulletins, notre guide sur la fiche de paie détaille les lignes concernées par une absence maladie.
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Written by our expert Céline
le 7 septembre 2026
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